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      加速新冠肺炎药物研发,BAT 滴(dī)滴向科研(yán)机构免费开(kāi)放(fàng) AI 算力

      2020/02/04雷锋网498

      随着中国疾控中(zhōng)心成功(gōng)分离出新型冠状(zhuàng)病毒,人们对该病毒的认识越来越深,相关的疫苗和(hé)特(tè)效(xiào)药的研发(fā)也在紧(jǐn)锣密鼓(gǔ)地(dì)进行中。然而,这一过程需(xū)要大量的数据分析、文献筛(shāi)选和超(chāo)算工作支撑。

      为(wéi)了进一(yī)步加快新疫苗、新药的(de)研发和(hé)上市(shì),国内众多科(kē)技公司纷(fēn)纷向科(kē)研机构免(miǎn)费开放自己(jǐ)的 AI 算力。

      阿(ā)里云

      2020 年 1 月(yuè) 29 日晚间,阿里云宣布在疫情期间向(xiàng)全球公(gōng)共科研(yán)机构免费开(kāi)放一切(qiē) AI 算(suàn)力。

      阿里(lǐ)云高性(xìng)能计算团队负(fù)责人何(hé)万(wàn)青解释道:

      通常(cháng)来(lái)说,一(yī)款药物(wù)的研发需要经过毒(dú)株分离、测序分(fèn)析(xī)、找到(dào)病毒(dú)的靶(bǎ)点(diǎn)进(jìn)行识别和验证、寻找对应化(huà)合(hé)物(wù)、评(píng)估研究和动物(wù)实验、制剂(jì)合成(chéng)、临床试验以(yǐ)及上市等步骤(zhòu)。

      总而(ér)言之,药物研(yán)发的过程都需要投入大量的(de)金钱、人力以(yǐ)及时间。据了解,在美国研发一种新的药物(wù),从这(zhè)个研(yán)发项目启动到其最终通过 FDA(Food and Drug Administration,美国食(shí)品药物监督管理局)的(de)批准,平均需要(yào)花费 10 -15 年时间,耗资超过 13 亿美元(yuán)。

      研究人员对新型冠状病毒进行(háng)毒株分(fèn)离

      目前(qián),本(běn)次新(xīn)型冠状(zhuàng)病毒疫苗和特(tè)效药的研发已经(jīng)完成(chéng)了毒株(zhū)分离以及基因测序,这(zhè)一部分(fèn)工作主要是在(zài)实(shí)验室(shì)进行研究工作;而接下来的研(yán)发,包括对病毒(dú)靶点进行识别和验证、寻找对应化(huà)合物等,都需要云计算的帮助。

      何万青对媒体说道:

      特(tè)别是寻找对应化合物,一定(dìng)要调用超大(dà)规(guī)模(mó)算力,因(yīn)为可供制成药物的(de)化合物有 5000-15000 种。要先从庞杂的(de)化合物中找到(dào)针(zhēn)对病毒合适的“进攻方向”,再进行合成和拼接,如(rú)果都要从实验室(shì)里一一比对,那就太浪费时间(jiān)了。

      在阿(ā)里(lǐ)云这次开放 AI 算(suàn)力(lì)之后(hòu),全球公共(gòng)科(kē)研机构无需(xū)“排队”,随时可(kě)以在弹性伸缩(suō)、数据交流和发(fā)布都更加便捷的协(xié)同(tóng)环(huán)境(jìng)中(zhōng)工作(zuò)。

      另外,在筛选医学文献和分析历史数(shù)据(jù)时,AI 算(suàn)力也能派上用场(chǎng)。此(cǐ)前类(lèi)似的 SARS 等疫情(qíng)爆发(fā)后(hòu),医学界留(liú)有大(dà)量的历史(shǐ)药物(wù)研发以及临(lín)床数据,还有很多(duō)医学文献散落(luò)全球各地,这些都可能成为这次新型冠(guàn)状病毒治疗突破口。

      腾(téng)讯

      2020 年 1 月 30 日,腾讯官方(fāng)宣布向北京生命科学研究所/清(qīng)华大(dà)学生物医学交叉研究院(yuàn)的黄牛教授实(shí)验室、中山(shān)大(dà)学药学院(yuàn)的罗海彬教授团(tuán)队(duì)提供免费(fèi)的(de)运超算能力(lì)、运算集(jí)群支持(chí)以(yǐ)及基础的云计(jì)算能力(lì);同时(shí)成立(lì)应急工作小组,帮助加速疫苗研发和新药筛查。

      加速新冠肺炎药物研发(fā),BAT 滴(dī)滴向科(kē)研机(jī)构(gòu)免费开放 AI 算力

      上述两个由腾讯提供(gòng)算力支持(chí)的团队(duì)正承担(dān)新冠肺炎的药物筛选和病毒突变(biàn)预测工作(zuò)。

      早前,国家(jiā)科技部紧(jǐn)急启动了(le)相关(guān)的应(yīng)急研究项目,中(zhōng)山大学药学(xué)院罗(luó)海彬教授团队入选了“2019-nCoV的保护性抗体、疫苗研发和药物筛选与评价研究”的(de)课题,负责遴选具有治疗作用的候选药物等工作。

      为此,腾讯云迅速调度(dù)了一(yī)批 GPU 服务器节点,并为罗教授团队开(kāi)通了高性能(néng)计算账号,免费提供所有计算资源,支持(chí)罗教授的(de)团队进(jìn)行(háng)抵抗新(xīn)型(xíng)冠状病毒的药物筛选和病毒突变预测。

      同时(shí),北京生命科学研(yán)究所/清华大学生物(wù)医(yī)学交叉研究院黄牛教(jiāo)授实验室, 正(zhèng)在(zài)推进基于新型冠状病毒(dú)靶标结构的化合物虚拟(nǐ)筛选的工(gōng)作。

      腾(téng)讯为此提供了大量标准的(de) CPU 算力以及对象储存能力(lì),帮(bāng)助黄牛教授实验室进行基(jī)于结构的药物分子设计的离线计算任务。针对新型(xíng)冠(guàn)状病(bìng)毒的多个(gè)靶点,黄牛教(jiāo)授实验室通过腾讯云秒(miǎo)级交付的海量高性能计算、存储资源(yuán),快(kuài)速计算筛选数亿级(jí)别的化合物数据库,结合(hé)实验验证,来寻找(zhǎo)新型结(jié)构类型(xíng)的先导化合物,为下一步新药研(yán)发工作提供依据。

      总而言之,腾(téng)讯云(yún)较(jiào)强的 CPU 以及 GPU 算力调(diào)度能力可以为基因测序、医疗工程提供稳(wěn)定高效的算力(lì)支(zhī)持,从(cóng)而降低创新药物前期(qī)研(yán)发的(de)成(chéng)本与周期。

      百度

      加速新(xīn)冠(guàn)肺炎(yán)药(yào)物研发(fā),BAT 滴滴向(xiàng)科研机(jī)构(gòu)免费开(kāi)放 AI 算力

      紧随(suí)阿里和(hé)腾讯(xùn)的脚步(bù),百度研(yán)究(jiū)院也(yě)在 2020 年 1 月 30 日(rì)宣布,将向各基(jī)因检测机构、防疫中心及全世界科学研究中心免费开(kāi)放线(xiàn)性时间(jiān)算法 LinearFold 以及世界(jiè)上(shàng)现有最快的 RNA 结构预测网站,以提升新型冠状病毒 RNA 空间结构(gòu)预测速度,从而(ér)助力(lì)疫情防控(kòng)。

      具体来说,2019 年 7 月,百度首次提出 LinearFold 算(suàn)法(fǎ),该算法让(ràng)整序列、整基因(yīn)组的 RNA 结(jié)构预(yù)测(cè)成为可能,也是 RNA 结构预测领(lǐng)域的一次重大(dà)突破。

      此次引起武汉肺炎的新型冠状(zhuàng)病(bìng)毒(dú)与 SARS 病毒(dú)、艾滋病毒、埃博拉(lā)病(bìng)毒(dú)、流(liú)感病毒一样,都属于 RNA 病毒,其单(dān)链结构导致病毒更容易变(biàn)异、不易(yì)开发疫苗。但如果医学专家们(men)能够更加快速(sù)且深入地了解新冠肺炎(yán)基(jī)因组的性质,这(zhè)将为针对(duì)性药物(wù)的设计研发提供(gòng)重要信息。

      传统上,RNA 二级结构预测需要三次方时间复杂度的算(suàn)法。比如说,序列长(zhǎng)度翻一(yī)倍就要(yào)付出 8 倍的计算时间(jiān),像(xiàng) RNA 病毒(dú)基因(yīn)组这(zhè)样的超长序列(例如(rú),艾(ài)滋病毒(dú)有约 1 万个碱基,埃博拉病毒有约 2 万个碱基)需要很长一(yī)段等待(dài)时间(jiān)。而冠状病毒(包括非典病毒和(hé)这次的新型(xíng)冠状病毒(dú))的基因(yīn)组又是所(suǒ)有 RNA 病(bìng)毒里最长的,长达 3 万个碱基,最(zuì)快的经典算法也需要 55 分钟。

      不过,通过百度 LinearFold 算法(fǎ),这一(yī)计算(suàn)时间被压缩到了 27 秒,相(xiàng)当于提升(shēng)了 120 倍。与此同时,百度还(hái)向全球科学家免(miǎn)费开(kāi)放了其 RNA 结构预测网站。这些(xiē)都将提升基(jī)因检(jiǎn)测、疫苗研发等科研中(zhōng)心的工作效率,让病(bìng)毒的研究及疫苗开发速(sù)度快速提高(gāo)。

      值得一提的是,在此之前,百度还宣布成立总规模 3 亿元疫情及公共卫(wèi)生安全攻坚专项基金,用于支持新型(xíng)冠状病(bìng)毒肺炎等(děng)新(xīn)疾病的治愈药物筛选、研发等(děng)一(yī)系列抗(kàng)击疫情工作。

      滴滴云

      加速新冠肺炎药物(wù)研发(fā),BAT 滴(dī)滴向科(kē)研机构免费开放 AI 算力

      注:图片来自滴滴云

      2020 年 2 月 1 日,滴(dī)滴也加入(rù)了 BAT 的行列——滴滴云宣布,在通力保障正(zhèng)常服务的基础(chǔ)上(shàng),成立应急战疫小组,并(bìng)免费向国内科研机构、医疗及救助平台等(děng)开放用于抗(kàng)击疫情相关工(gōng)作的 GPU 云计(jì)算资源和技术支持,包括但不(bú)限于 GPU 云服务器、负载均衡 SLB、弹性(xìng)公网 EIP 等以及相关的技术支持服务。


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